Nous pénétrons ensuite dans la salle Indo-Pacifique. Un premier bac met en valeur des invertébrés assez rares, les nautiles. Tout droit sortis de la préhistoire et appartenant à l'embranchement des Mollusques, ils vivent en eau profonde et nécessitent donc un éclairage diffus de faible intensité. Un autre curieux animal existant depuis plusieurs millions d'années, la limule (qui appartient à l'embranchement des Arthropodes, comme les crustacés ou les insectes), évolue sur le sable d'un aquarium.
Les autres aquariums de cette salle Indo-Pacifique sont très lumineux et abritent de nombreuses espèces de poissons très colorées, et de grandes étendues d'algues, la plupart étant des Caulerpa taxifolia. Un superbe aquarium, l'un des plus beaux présentés sur ce site, est un aquarium dédié aux demoiselles bleues. Cet aquarium frappe par l'intensité lumineuse qu'il dégage, mais aussi par l'incroyable clarté de l'eau. De nombreux coraux durs mélangés de grosses touffes de Caulerpa taxifolia constituent le décor. Les nombreuses demoiselles nagent dans tous les sens, ce qui rend le bac très vivant.
Un autre aquarium est consacré au fameux Pterapogon kauderni (vidéo1, vidéo 2). Cet incubateur buccal a été reproduit pour la première fois à l'aquarium de Monaco. Depuis, de nombreux aquariophiles ont réussi à les reproduire, faisant ainsi la popularité de cette espèce au mode de reproduction particulier (mais plus courant en eau douce). On remarque dans ce bac de nombreux oursins diadèmes permettant aux jeunes de trouver un abri sûr entre les piquants de ces invertébrés. On trouve aussi dans cet aquarium de nombreux poissons rasoir (vidéo1, vidéo 2) qui se déplacent en bancs, la tête orientée vers le sable.
Un autre aquarium abrite des poissons-coffre, un poisson-vache et des Dactilopterus dans un décor presque exclusivement constitué de Caulerpe. D'autres aquariums présentent des poissons clowns se cachant dans leurs anémones très colorées. Un aquarium montre un petit requin dormeur taureau. D'autres bacs présentent de nombreux poissons multicolores comme des poissons cochers, des chirurgiens, des centropyges, des Coris aygula, des pomacanthus (vidéo: Pomacanthus maculosus), des acanthurus ou encore des Chétodons, qui évoluent parmi les caulerpes.
Tous ces aquariums sont très beaux et très colorés, avec beaucoup d'algues qui permettent d'égayer les décors mais surtout d'épurer l'eau des aquarium, rendant l'écosystème plus stable et l'eau plus pure (eau plus claire, moins de substances organiques, de nitrates et de phosphates). Ces bacs mettent en évidence la biodiversité de la faune marine Indo-Pacifique, mais aussi des milieux tropicaux en général.
