L'aquarium de La Rochelle est constitué de 65 bassins, dont 56 en polyester et 9 en béton, pour près de 3 millions de litres d'eau. Pour construire un tel édifice, il a été nécessaire d'ancrer 225 pieux dans le calcaire, et d'utiliser 440 tonnes de ferraillage, 11235 tonnes de béton, 35 tonnes de charpentes métalliques, et 80 m3 de charpente de bois. Le réseaux aquariologique fait 18 km de long pour 30 tonnes de gaines. Le débit d'eau brassée est de 3000 m3/h, et le volume d'air brassé de 125000 m3/h.
L'eau est régulièrement renouvelée, à raison de 800 m3 par mois, pour maintenir un bon équilibre et une bonne qualité d'eau dans les bassins. Elle est puisée dans les bassins d'ostréiculture de la région et transportée par camion citerne. L'eau est alors décantée, filtrée puis stérilisée par ultra-violets.
La filtration occupe une place très importante. Chaque bassin possède son propre système de filtration pour le rendre indépendant. Tout les filtres sont regroupés dans une pièce en sous-sol. La plupart des filtres permettent de traiter une fois le volume du bassin par heure. L'eau passe passe d'abord par un pré-filtre, puis s'écoule sur une matière spéciale, le Bidim, avant de passer par un filtre biologique et d'être renvoyé dans l'aquarium. Pour l'entretien des filtres, le pré-filtre et le Bidim sont nettoyés tous les 3 jours, et les masses biologique sont rincées une fois par mois à l'eau de mer naturelle.
Un autre type de filtration plus efficace est utilisé pour les grands bassin. Une technique de filtration sur sable est utilisée, à l'image des usines productrices d'eau potable. Cela permet de traiter très efficacement 1.5 fois le volume du bassin par heure. Ces filtres sont régulièrement décolmatés par injection d'air puis par injection d'eau inversée. Cette eau, très chargée en déchets organique, est évacuée.
L'eau usée subit aussi un traitement avant d'être rejetée dans le port. Elle subit une décantation, une filtration et surtout une stérilisation pour éviter qu'une espèce étrangère ne soit libérée dans les eaux du port.
La régulation de la température des eaux est gérée à l'aide de 2 groupes thermodynamiques qui permettent de chauffer l'eau et ou de la refroidir selon les besoins spécifiques de chaque aquarium. Ainsi, la température des eaux tempérées est comprise entre 12 et 16 °C, 18 °C pour les méduses, tandis que l'eau des aquariums tropicaux avoisine les 25 °c.
Contrairement à Océanopolis où quelques bassins étaient éclairés par de la lumière naturelle, ici, chaque bassin possède son éclairage propre, souvent avec des lampes possédant des ampoules spécifiques permettant de reconstituer le spectre lumineux nécessaires à la vie de ses hôtes. Ainsi, certains bacs sont très peu éclairés comme dans la salle obscure, ou d'autre à l'inverse le sont puissamment, notamment le bassin récifal à ciel ouvert éclairé par 6 lampes HQI d'une température de 8000 °K. D'autres bacs jouent également sur des effets lumineux, notamment dans la salle Méditerranée.
Du point de vue des matériaux utilisés, les concepteurs ont privilégié le méthacrylate au verre. En effet, la plupart des aquariums étant extrêmement volumineux, l'emploi du verre n'était pas facile en raison des grandes pressions exercées par l'eau. Il faudrait utiliser des pans de verre d'une grande épaisseur. Or plus le verre est épais, plus on a l'impression de voir une eau de couleur verte, et les couleurs des poissons sont altérées. Le méthacrylate ne présente pas ces inconvénients. Il est très translucide et n'altère pratiquement pas les couleurs. Sa rigidité permet de l'utiliser sur de grandes surfaces et avec de grandes épaisseurs. De plus, le méthacrylate a l'avantage de pouvoir être soudé, et donc d'obtenir de très grandes surfaces de visibilité. Il permet en outre d'obtenir des formes d'aquariums originales. Mais le principal inconvénient de ce matériau composite reste son coût .
Voilà ce que l'on peut dire sur la partie technique. Sachez tout de même que chaque secteur possède sa propre salle de quarantaine où se retrouvent les poissons malades, stressés ou dominés, mais aussi les poissons qui vont bientôt intégrer les aquariums présentés au public.
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