La visite du pavillon tropical permet de découvrir de nombreux aquariums, dont certains de grande taille,  reflétant les différents écosystèmes marins des milieux tropicaux. 

L'aquarium récifal est l'un des plus beaux aquariums d'Océanopolis, avec un volume de 30 m3 avec une baie vitrée incurvée de 10 m de long (vidéo). Cet aquarium possède un éclairage spécifique grâce à plusieurs lampes à ampoules HQI, qui permettent d'illuminer puissamment le bac avec le spectre lumineux le plus adapté pour une croissance optimale des coraux. On trouve dans cet aquarium de très nombreuses espèces d'invertébrés avec de magnifiques coraux mous ou durs, des anémones, des bénitiers... donc un bac splendide riche en couleurs. On y trouve également quelques poissons, qui ne sont pas  très nombreux afin de respecter l'équilibre de l'écosystème récifal. Toutes ces espèces respectent les invertébrés et participent de près à l'équilibre de l'écosystème. On trouve ainsi quelques "poissons rasoirs", des  "vanille-fraise", des "pseudochromes de Fridman", des "barbiers rouges" , des Acanthurus olivaceus, des "gobie de feu", , un forcipiger flavissimus, Chelmon rostratus, des "poissons chirurgiens",  dont la longue bouche permet d'aller chercher de la nourriture dans les endroits inaccessibles pour les autres espèces, participant ainsi au "nettoyage" des invertébrés, et encore de nombreuses autres espèces, de petite taille dans l'ensemble, mais très colorées (vidéo).

Un autre aquarium récifal mêle la beauté de ce type d'écosystème à la technologie et l'interactivité: en manipulant les manettes située sur la console devant l'aquarium, vous pouvez déplacer la caméra placée juste sous la surface, zoomer sur les zones qui vous intéressent et observer ce qui est filmé soit sur l'écran situé au milieu de l'aquarium, soit sur la projection au dessus de l'aquarium. Ce système permet d'observer ce superbe aquarium sous presque toutes les coutures, en atteignant des zones d'ordinaire inaccessibles pour les visiteurs, et le tout sans perturber l'écosystème mis en place. De plus, de nombreuses photos et explication sont présentes sur la console, guidant les visiteurs pour leur montrer ce qu'il y a de plus intéressant à voir dans cet aquarium.

Un immense aquarium de 300 m3 reconstitue l'écosystème marin de l'océan Indien  avec notamment des  "poissons cocher" et des "poisson chauve-souris" (platax), des balistes clowns....

Un peu plus loin on trouve un bac de 180 m3 qui recrée l'écosystème marin des Caraïbes où les visiteurs découvrent les espèces endémique que l'on ne trouve nulle part ailleurs, comme les "grammas royals", des centropyges loriculus, des "gobies" (vidéo), des "blennies" (vidéo)...

Puis on trouve un espace cylindrique avec des aquariums de taille plus modeste, qui présentent la diversité des adaptations des poissons à la vie récifale. On trouve ainsi un aquarium à scorpénidés avec la fameuse rascasse volante, mais aussi le poisson pierre. Un peu plus loin on trouve les aquarium aux murènes (vidéo), présentant Gymnothorax favagineus et deux murènes jaunes. Un autre aquarium présente des requins nourrice et des anges de mer. Puis on  trouve des aquarium aux décors sublimes, présentant des poissons toujours plus colorés tels que Chaetodon speculum.