La visite du pavillon tropical permet aux visiteurs d'entrevoir une partie des installations techniques permettant le traitement de l'eau de l'aquarium aux requins, et fournit par la même occasion une explication technique sur les installations d'Océanopolis.

Le pompage de l'eau de mer s'effectue en Rade de Brest, à 1.5 km d'Océanopolis, au rythme de 160000 l/h. L'eau brute est débarrassée de ses macro-déchets, passe d'abord dans un filtre biologique qui permet d'épurer l'eau en éliminant une partie de ses résidus organiques, limitant ainsi les nitrites, les nitrates, les phosphates... et tout autres composés chimiques susceptibles d'avoir un impact négatif sur la faune aquatique des aquariums ou sur le maintien de l'équilibre physico-chimique des milieux aquatiques reconstitués.

Puis l'eau de mer passe dans un grand filtre mécanique qui supprime les éléments plus petits, afin d'obtenir une eau la plus propre et la plus translucide possible.

Ensuite l'eau est thermorégulée pour être portée dans le cas des aquariums aux requins à la température de 25°C, et environ 10°C pour l'eau des aquariums du pavillon polaire. La régulation de la température de ce pavillon tropical est assurée par 3 machines: la première produit de l'eau glacée (entre 6 et 11°C) ; la deuxième permet d'obtenir de l'eau à une température de 55°C environ; la troisième et dernière machine est utilisée pour ajuster la température de l'eau produite par les 2 autres, pouvant donc produire selon le cas de l'eau chaude ou de l'eau froide.(plus de détails sur mad-froid.com)

Enfin, l'eau maintenant épurée passe d'un appareil à ultra-violet (qui émet des ultra-violets, radiation énergétique utilisée ici à une fréquence proche ou égale à 2537 Angström) qui détruit tous les micro-organismes. Après ce "bronzage" forcé, l'eau est pratiquement parfaite pour l'usage aquariophile, dépourvue alors d'agents pathogènes susceptibles d'infecter la faune sous-marine hébergée.  

L'eau ainsi traitée peut alors être directement utilisée pour renouveler une partie de l'eau de mer de l'aquarium, souillée au fil du temps par la population aquatique.

Les eaux usées qui sont pompées des aquariums sont rejetées en Rade de Brest. Elles subissent un traitement à l'ozone pour éviter que des espèces végétales ou animales non locales envahissent le milieu marin, comme ce fût probablement le cas pour la Caulerpa taxifolia qui a colonisé une partie de la mer Méditerranée  suite à des rejets des eaux usées de l'aquarium de Monaco. La technique de l'ozonisation est très efficace, permettant de détruire toutes cellules vivantes ou organismes pluricellulaires qui seraient présent dans l'eau. Cette technique est d'ailleurs utilisée pour produire l'eau potable qui arrive chez vous. De plus, elles sont à nouveau thermorégulées pour ne pas rejeter de l'eau à 25°C ou à 10°C.